Este é um período que pode ser descrito, em termos militares, como de consolidação da ocupação do território. O inimigo maior - apesar deste ainda ser muito perigoso - não era mais o indígena, mas os estrangeiros que contestavam a posse da colônia. Indo desde o extremo norte do país até as terras que hoje formam o Uruguai, os portugueses lutaram para manter o controle do território, combatendo ingleses, franceses, irlandeses, espanhóis e holandeses, sendo que o conflito contra esses últimos no atual território do Brasil se estende por 65 anos - de 1599 até 1654 - com operações militares indo do Amapá até o Espírito Santo, ou mesmo na África, quando do caso da expedição montada no Rio de Janeiro para a liberação de Angola.

O resultado dessas lutas, além da consolidação do território nas mãos dos Portugueses, foi o surgimento das primeiras forças de terra permanentes, que serão as raízes do que viria a ser o Exército Brasileiro - não mais colonos em armas, mas soldados permanentes.

Outra vertente importante das lutas do século XVII é o movimento de captura de índios para a escravidão, executado basicamente por paulistas - os famosos bandeirantes. A ligação dos bandeirantes com o aparelho militar ou mesmo governamental da colônia era muito tênue, pois eram empreendedores privados, inicialmente apenas interessados na captura de escravos indígenas, mesmo que isso fosse contrário às ordens da coroa Portuguesa e da Igreja organizada. Com a derrota das grandes expedições bandeirantes, frente aos índios missioneiros, houve uma mudança no modus operandi das bandeiras, que ficaram menores e passaram a penetrar mais profundamente no interior do país, para poderem capturar os índios ainda não aldeados pelos jesuítas. A busca por essas tribos, muitas vezes em locais muito distantes de São Paulo, levou à exploração do interior e, com a descoberta do ouro em Minas Gerais, no final do século, a ocupação do imenso espaço vazio que havia então.